Henrique José Lopes Fernandes é licenciado em Sociologia pela Universidade de Toulouse-Le-Mirail, onde obteve o DEA - Diplomme d`Etudes Approfondies, equivalente ao Mestrado.
É docente do Instituto Superior Miguel Torga desde 1974 e nele exerceu diversas funções directivas, pedagógicas e científicas, incluindo a de Presidente do Conselho Directivo.
Leccionou as disciplinas de Sociologia do Trabalho, Psicossociologia das Organizações e Psicossociologia da Comunicação.
É também coordenador científico do MBA em Gestão Autárquica.
Exerceu, de 1990 a 1999, funções autárquicas na Câmara Municipal de Coimbra (com tutela, sucessiva ou simultânea, das seguintes áreas:
Desenvolvimento Económico e Social; Centro Histórico; Planeamento Urbano; Licenciamento de Obras Particulares; Transportes e acessibilidades; Habitação; Educação.).
Foi Presidente do Conselho de Administração dos Serviços Municipalizados de Transportes Urbanos de Coimbra – SMUTC entre 1997 e 1999.
Fundou e dirigiu, na qualidade de Director, o ITAP - Instituto Técnico Artístico e Profissional de Coimbra, de 1990 a 1999, tendo sido também Presidente da Gerência da PRODESO, entidade suporte deste Instituto.
De 1999 a 2002 foi vice-presidente da Direcção nacional do IDICT - Instituto de Desenvolvimento e Inspecção das Condições de Trabalho, em Lisboa.
Pertenceu à Administração da Agencia Europeia para a Segurança, Higiene e Saúde no Trabalho, sediada em Bilbao, Espanha.
Representou o Governo Português na Fundação Europeia para a Melhoria das Condições de Vida e de Trabalho, sediada em Dublin, Irlanda.
Foi, até à tomada de posse como Governador Civil, Administrador da empresa INVESVITA – Serviços na Área da Saúde, S.A.
Tem em fase final de preparação o doutoramento na Universidade da Extremadura, Espanha, sob o tema "Sociedade de risco e cultura de prevenção: a educação/formação para a prevenção dos riscos profissionais".
Foi nomeado Governador Civil do Distrito de Coimbra em 5 de Abril de 2005, funções que exerce actualmente, em exclusividade.